Selen có 6 đồng vị tồn tại trong tự nhiên, năm trong số này là ổn định: Se74, Se76, Se77, Se78, Se80. Ba đồng vị cuối cùng này cũng có trong sản phẩm của quá trình phân rã hạt nhân, cùng với Se79 là đồng vị phóng xạ với chu kỳ bán rã là 295.000 năm, và Se82 có chu kỳ bán rã rất dài (cỡ khoảng 1020 năm, bị phân rã nhờ phân rã beta kép thành Kr82) và đối với các mục đích thực tế có thể coi là ổn định. 23 đồng vị không ổn định khác cũng được nêu đặc trưng.